上海市南汇区卫生局是上海市南汇区人民政府主管全区卫生行政工作的职能部门，位于上海市临港新城申港大道200号，内设6科2室，即党政办公室（信息科）、组织人事科、医政科、医防科、卫生监督科（法制办、应急办） 、计划财务科、监察审计科、医疗保险办公室。

2007年底， 全区共有各类卫生机构278所（不包括行政性卫生事业机构和卫生学校）。其中，医院7所，护理院1所，社区卫生服务中心14所，其他卫生机构5所，村卫生室（所）163所，内部医疗机构58所；民办门诊部及个体诊所30所。全区共有各类床位4954张，其中护理床位1524张，医疗床位3430张。

按卫生部统计口径，到2007年底，全区卫生机构职工人数5732人，其中卫技人员4761人。卫生系统在编人员4406人，其中卫技人员3562人。全年诊疗次数为365.5万人次，其中门急诊诊疗次数为363.51万人次。

几年来，南汇区卫生局在区委、区府的领导下，树立和落实科学发展观，坚持“贯彻预防为主，依靠科技进步，动员全社会参与，中西医并重，为人民健康服务”的卫生工作方针，加强公共卫生体系建设，依法行政力度不断增强，合作医疗制度巩固和完善，社区卫生服务工作有力推进，医疗服务质量和预防保健水平稳步提高，实现南汇卫生事业的全面有序发展，为南汇经济和社会发展提供良好服务。

南汇卫生事业建设与发展目标：建立起适应南汇国民经济和社会发展总目标的要求，适合南汇特点的与上海建设亚洲医疗中心城市相适应的功能齐全、结构合理的，由区域医疗中心、社区卫生服务中心、社区卫生服务点构成的新型医疗服务体系和完善的公共卫生体系，满足人民群众多层次的医疗、预防、保健、康复等医疗卫生需求，促进卫生事业的发展和人民健康水平的提高。